detinfДЕТСКИЕ ИНФЕКЦИИCHILDREN INFECTIONS2072-81072618-8139Association of Pediatricians and Infection Disease doctors10.22627/2072-8107-2020-19-1-7-12detinf-475Research ArticleОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИORIGINAL ARTICLESЭтиологическая роль и молекулярно-генетические особенности Streptococcus pneumoniae при инфекционных заболеваниях у детейEtiological role and molecular-genetic features of Streptococcus pneumoniae in children’s infectious diseaseshttps://orcid.org/0000-0001-6521-8615ПротасоваИ. Н.ProtasovaI. N.

Протасова Ирина Николаевна - кандидат медицинских наук, доцент кафедры микробиологии им. доцента Б.М. Зельмановича.

Красноярск.

Irina N. Protasova - PhD, Associate Professor of Microbiology Department, Professor V. F. Voino-Yasenetsky Krasnoyarsk State Medical University.

Krasnoyarsk.

ovsyanka802@gmai.comhttps://orcid.org/0000-0002-2014-0698МартыноваГ. П.MartynovaG. P.

Мартынова Галина Петровна - доктор медицинских наук, профессор, заведующая кафедрой детских инфекционных болезней с курсом ПО.

Красноярск.

Galina P. Martynova - MD, Professor, Professor V. F. Voino-Yasenetsky Krasnoyarsk State Medical University.

Krasnoyarsk.

https://orcid.org/0000-0001-8058-7806ИльенковаН. А.IlyenkovaN. A.

Ильенкова Наталья Анатольевна - доктор медицинских наук, профессор, заведующая кафедрой детских болезней с курсом ПО.

Красноярск.

Natalya A. Ilyenkova - MD, Professor, Professor V. F. Voino-Yasenet-sky Krasnoyarsk State Medical University.

Krasnoyarsk.

https://orcid.org/0000-0002-7055-6683КутищеваИ. А.KutischevaI. A.

Кутищева Ирина Александровна - кандидат медицинских наук, доцент кафедры детских инфекционных болезней с курсом ПО, кандидат медицинских наук.

Красноярск.

Irina A. Kutishcheva - PhD, Associate Professor of Children’s Infec-tious Disease Department, Professor V. F. Voino-Yasenetsky Krasnoyarsk State Medical University.

Krasnoyarsk.

https://orcid.org/0000-0001-7902-685XДомрачеваС. В.DomrachevaS. V.

Домрачева Светлана Владиславовна - врач клинический фармаколог.

Красноярск.

Svetlana V. Domracheva - Clinical Pharmacologist, Krasnoyarsk Interregional Children’s Hospital №4.

Krasnoyarsk.

https://orcid.org/0000-0002-7701-5206ОвчинниковаО. П.OvchinnikovaO. P.

Овчинникова Ольга Петровна - заведующая бактериологической лабораторией.

Красноярск.

Olga P. Ovchinnikova - Head of Bacteriological Laboratory, Clinical Pharmacologist, Krasnoyarsk Interregional Children’s Hospital №4.

Krasnoyarsk.

https://orcid.org/0000-0002-5351-5433СоколовскаяЕ. С.SokolovskayaE. S.

Соколовская Елена Сергеевна - соискатель кафедры детских болезней с курсом ПО, врач-педиатр.

Красноярск.

Elena S. Sokolovskaya - Reseacher of Children’s Disease De-partment, Professor V. F. Voino-Yasenetsky Krasnoyarsk State Medical University.

Krasnoyarsk.

Красноярский государственный медицинский университет имени профессора В.Ф. Войно-Ясенецкого Минздрава РоссииProfessor V.F. Voino-Yasenetsky Krasnoyarsk State Medical UniversityКрасноярская межрайонная детская больница №4Krasnoyarsk Interregional Children’s Hospital № 4Красноярская межрайонная детская клиническая больница №1Krasnoyarsk Interregional Children’s Clinical Hospital №1202028032020191712Copyright © Протасова И.Н., Мартынова Г.П., Ильенкова Н.А., Кутищева И.А., Домрачева С.В., Овчинникова О.П., Соколовская Е.С., 20202020Протасова И.Н., Мартынова Г.П., Ильенкова Н.А., Кутищева И.А., Домрачева С.В., Овчинникова О.П., Соколовская Е.С.Protasova I.N., Martynova G.P., Ilyenkova N.A., Kutischeva I.A., Domracheva S.V., Ovchinnikova O.P., Sokolovskaya E.S.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://detinf.elpub.ru/jour/article/view/475Цель

Цель: выявление этиологической роли, исследования серотипового пейзажа и определения преобладающих генотипов (сиквенс-типов) Streptococcus pneumoniae у 459 детей, госпитализированных по поводу острого гнойного среднего отита, острого тонзиллита, внебольничной пневмонии, гнойного бактериального менингита.

Материалы и методы

Материалы и методы: Использовался культуральный (бактериологический) метод, молекулярные методы (ПЦР, секвенирование). Статистическая обработка проводилась с помощью программ Microsoft Excel 2007 и Statistica 6.0.

Результаты

Результаты: S. pneumoniae был выявлен в 16,8% случаев. Преобладали серотипы 19F (39,7%) и 19A (13,2%), относящиеся к мультирезистентному клональному комплексу 320. С меньшей частотой (8,82%) встречались пневмококки 6 серогруппы (6АВ) — представители клонального комплекса 315, характеризующиеся устойчивостью к макролидам, клиндамицину и тетрациклину.

Соответствие выявленных серотипов антигенному составу пневмококковых вакцин составило от 70,6% до 88,2%. 

Objective

Objective: To study the etiological role, serotype distribution and prevalent Streptococcus pneumoniae genotypes (sequence types) in 459 children hospitalized with acute purulent otitis media, acute tonsillitis, community-acquired pneumonia, and purulent bacterial meningitis. Pneumococcal cultures isolated from patients were tested for sensitivity to antimicrobials, and presence of resistance genes.

Materials and Methods

Materials and Methods: The cultural and molecular methods (PCR, sequencing) were used. Statistical analysis was carried out using Microsoft Excel 2007 and Statistica 6.0.

Results

Results: S. pneumoniae was detected in 16,8%. The prevalent serotypes were 19F (39.7%) and 19A (13.2%) — representatives of multidrug-resistant clonal com-plex 320. Isolates of serogroup 6 (6AB, 8.82%) belonged to clonal complex 315, and characterized by resistance to macrolides, clindamycin and tetracycline.

From 70

From 70.6% to 88.2% of S. pneumoniae serotypes isolated from patients corresponded to «vaccine»-types.

Streptococcus pneumoniaeпневмококкэтиологическая рольсеротипы у детейсиквенс-типырезистентностьStreptococcus pneumoniaepneumococcusetiological roleserotypes in childrensequence-typesresistanceReferencesБаранов А.А., Намазова-Баранова Л.С., Брико Н.И., Лобзин Ю.В., Козлов Р.С., Костинов М.П., Королёва И.С., Рудакова А.В., Сидоренко С.В., Таточенко В.К., Харит С.Р., Федосеенко М.В., Вишнёва Е.А., Селимзянова Л.Р. Вакцинопрофилактика пневмококковой инфекции у детей. Педиатрическая фармакология. 2018;15(3):200-211. https://doi.org/10.15690/pf.v15i3.1899Baranov A.A., Namazova-Baranova L.S., Brico N.I., Lobzin Y.V., Kozlov R.S., Kostinov M.P., Koroleva I.S., Rudakova A.V., Sidorenko S.V., Tatochenko V.K., Kharit S.M., Fedoseenko M.V., Vishneva E.A., Selimzyanova L.R. Vaccine prevention of pneumococcal Infection in children. Pediatric Pharmacology. 2018; 15(3): 200—211. (In Russ.) https://doi.org/10.15690/pf.v15i3.1899Brooks L.R.K., Mias G.I. Streptococcus pneumoniae's virulence and host immunity: aging, diagnostics, and prevention. Front. Immunol. 2018;9:1366. doi: 10.3389/fimmu.2018.01366Brooks L.R.K., Mias G.I. Streptococcus pneumoniae's virulence and host immunity: aging, diagnostics, and prevention. Front. Immunol. 2018;9:1366. doi: 10.3389/fimmu.2018.01366Общая заболеваемость детского населения России (0—14 лет) в 2018 году. Министерство здравоохранения Российской Федерации: статистические материалы. 2019; Часть IV.The overall incidence of Russian childhood population (0—14 years) in 2018. Ministry of Healthcare in Russian Federation. 2019; Part IV. (In Russ.)Белошицкий Г.В., Королева И.С., Королева М.А. Эпидемиологическая2016 г. Материалы XI съезда ВНПОЭМП. Москва, 2017:329.Beloshitskiy G.V.,Korolyova I.S., Korolyova M.A. Epidemiological features of pneumococcal meningitis in Russian Federation. Materials of XI congress of Russian scientific-practical society of epidemiologists, microbiologists and parasitologists. Moscow, 2017:329. (In Russ.)Yahiaoui R.Y., Bootsma H.J., den Heijer C.D.J., Pluister G.N., John Paget W., Spreeuwenberg P., Trzcinski K., Stobberingh E.E. Distribu¬tion of serotypes and patterns of antimicrobial resistance among commensal Streptococcus pneumoniae in nine European countries. BMC Infect Dis. 201;18(1):440. doi: 10.1186/s12879-018-3341-0Yahiaoui R.Y., Bootsma H.J., den Heijer C.D.J., Pluister G.N., John Paget W., Spreeuwenberg P., Trzcinski K., Stobberingh E.E. Distribution of serotypes and patterns of antimicrobial resistance among commensal Streptococcus pneumoniae in nine European countries. BMC Infect Dis. 201;18(1):440. doi: 10.1186/s12879-018-3341-0Ильенкова Н.А., Корецкая Н.М., Куртасова Л.М., Гуничева Н.В., Бахарева Н.В., Чикунов В.В., Степанова Л.В., Прокопцева Н.Л. Итоги научно-практической конференции для врачей педиатров «Пневмония у детей: диагностика, лечение и профилактика». Сибирское медицинское обозрение. 2014; 2:104—105. doi: 10.20333/25000136-2014-2-104-105Ilyenkova N.A., Koretskaya N.M., Kurtasova L.M., Gunicheva N.V., Bakhareva N.V., Chikunov V.V., Stepanova L.V., Prokoptseva N.L. The results of scientific-practical conference for pediatricians «Pneumonia in children: diagnosis, treatment and prevention» Siberian Medical Review. 2014; 2:104-105. (In Russ.) doi: 10.20333/25000136-2014-2-104-105Лабораторная диагностика внебольничной пневмонии пневмококковой этиологии: Методические рекомендации МР 4.2.0114-16. Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека. 2017.Laboratory diagnosis of community-acquired pneumonia of pneumococcal etiology: Guidelines 4.2.0114-16. Federal Service for Supervision of Consumer Rights Protection and Human Well-Being. 2017. (In Russ.)Лабораторная диагностика менингококковой инфекции и гной¬ных бактериальных менингитов: Методические указания МУК 4.2.1887-04. Федеральный центр гигиены и эпидемиологии Роспотребнадзора. 2005.Laboratory diagnosis of meningococcal infection and purulent bacterial meningitis: Guidelines 4.2.1887-04. Federal Center for Hygiene and Epidemiology of Rospotrebnadzor. 2005. (In Russ.)Об унификации микробиологических (бактериологических) ме¬тодов исследования, применяемых в клинико-диагностических лабораториях лечебно-профилактических учреждений: Приказ МЗ СССР от 22.04.1985 г. № 535.On the unification of microbiological (bacteriological) research methods used in clinical diagnostic laboratories of medical institutions: Order of the USSR Ministry of Health, 04.22.1985, No. 535. (In Russ.)The European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing. Breakpoint tables for interpretation of MICs and zone diameters. Version 9.0, 2019. http://www.eucast.org.The European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing. Breakpoint tables for interpretation of MICs and zone diameters. Version 9.0, 2019. http://www.eucast.org.bioMerieux SA. Etest Application Guide [интернет-ресурс]. https://www.biomerieux-usa.com/sites/subsidiary_us/files/supplementary_inserts_-_16273_-_b_-_en_-_eag_-_etest_application_guide-3.pdfbioMerieux SA. Etest Application Guide [интернет-ресурс]. https://www.biomerieux-usa.com/sites/subsidiary_us/files/supplementary_inserts_-_16273_-_b_-_en_-_eag_-_etest_application_guide-3.pdfCenters for disease control and prevention. Conventional PCR de¬duction of 40 pneumococcal serotypes or serogroups. https://www.cdc.gov/streplab/downloads/pcr-oligonucleotide-primers.pdfCenters for disease control and prevention. Conventional PCR deduction of 40 pneumococcal serotypes or serogroups. https://www.cdc.gov/streplab/downloads/pcr-oligonucleotide-primers.pdfPublic databases for molecular typing and microbial genome diversity. Streptococcus pneumoniae isolates database. https://pubmlst.org/bigsdb?db=pubmlst_spneumoniae_isolatesPublic databases for molecular typing and microbial genome diversity. Streptococcus pneumoniae isolates database. https://pubmlst.org/bigsdb?db=pubmlst_spneumoniae_isolatesGlobal optimal eBURST http://www.phyloviz.net/goeburst/#DescriptionGlobal optimal eBURST http://www.phyloviz.net/goeburst/#DescriptionNagai K., Shibasaki Y., Hasegawa K., Davies T.A., Jacobs M.R., Ubukata K., Appelbaum P.C. Evaluation of PCR primers to screen for Streptococcus pneumoniae isolates and beta-lactam resistance, and to detect common macrolide resistance determinants. J Antimicrob Chemother. 2001;48(6):915—918.Nagai K., Shibasaki Y., Hasegawa K., Davies T.A., Jacobs M.R., Ubukata K., Appelbaum P.C. Evaluation of PCR primers to screen for Streptococcus pneumoniae isolates and beta-lactam resistance, and to detect common macrolide resistance determinants. J Antimicrob Chemother. 2001;48(6):915—918.Reinert R.R., Filimonova O.Y., Al-Lahham A., Grudinina S.A., Ilina E.N., Weigel L.M., Sidorenko S.V. Mechanisms of macrolide resistance among Streptococcus pneumoniae isolates from Russia. Antimicrob Agents Chemother. 2008;52(6):2260—2262. doi: 10.1128/AAC.01270-07Reinert R.R., Filimonova O.Y., Al-Lahham A., Grudinina S.A., Ilina E.N., Weigel L.M., Sidorenko S.V. Mechanisms of macrolide resistance among Streptococcus pneumoniae isolates from Russia. Antimicrob Agents Chemother. 2008;52(6):2260—2262. doi: 10.1128/AAC.01270-07Poyart C., Jardy L., Quesne G., Berche P., Trieu-Cuot P. Genetic basis of antibiotic resistance in Streptococcus agalactiae strains isolated in a French hospital. Antimicrob Agents Chemother. 2003; 47(2):794—797.Poyart C., Jardy L., Quesne G., Berche P., Trieu-Cuot P. Genetic basis of antibiotic resistance in Streptococcus agalactiae strains isolated in a French hospital. Antimicrob Agents Chemother. 2003; 47(2):794—797.Public databases for molecular typing and microbial genome diversity. Primers and PCR conditions for MLST of S. pneumoniae. https://pubmlst.org/spneumoniae/info/primers.shtmlPublic databases for molecular typing and microbial genome diversity. Primers and PCR conditions for MLST of S. pneumoniae. https://pubmlst.org/spneumoniae/info/primers.shtml

The authors declare that there are no conflicts of interest present.