<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE article PUBLIC "-//NLM//DTD JATS (Z39.96) Journal Publishing DTD v1.3 20210610//EN" "JATS-journalpublishing1-3.dtd">
<article article-type="research-article" dtd-version="1.3" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xml:lang="ru"><front><journal-meta><journal-id journal-id-type="publisher-id">detinf</journal-id><journal-title-group><journal-title xml:lang="ru">ДЕТСКИЕ ИНФЕКЦИИ</journal-title><trans-title-group xml:lang="en"><trans-title>CHILDREN INFECTIONS</trans-title></trans-title-group></journal-title-group><issn pub-type="ppub">2072-8107</issn><issn pub-type="epub">2618-8139</issn><publisher><publisher-name>Association of Pediatricians and Infection Disease doctors</publisher-name></publisher></journal-meta><article-meta><article-id pub-id-type="doi">10.22627/2072-8107-2022-21-4-37-42</article-id><article-id custom-type="elpub" pub-id-type="custom">detinf-773</article-id><article-categories><subj-group subj-group-type="heading"><subject>Research Article</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="section-heading" xml:lang="ru"><subject>ВОПРОСЫ ДИАГНОСТИКИ</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="section-heading" xml:lang="en"><subject>PROBLEMS OF DIAGNOSIS</subject></subj-group></article-categories><title-group><article-title>Эффективность метода ПЦР-РВ для этиологической диагностики атипичных форм коклюша</article-title><trans-title-group xml:lang="en"><trans-title>The effectiveness of PCR-RT method for etiological diagnosis of atypical forms of whooping cough</trans-title></trans-title-group></title-group><contrib-group><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0002-1509-0622</contrib-id><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Медкова</surname><given-names>А. Ю.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Medkova</surname><given-names>A. Yu.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Медкова Алиса Юрьевна, к.м.н., старший научный сотрудник лаборатории генетики бактерий отдела медицинской микробиологии</p><p>Москва</p></bio><bio xml:lang="en"><p>A. Medkova, PhD</p><p>Moscow</p></bio><email xlink:type="simple">baburida@yandex.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff-1"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0001-6696-8362</contrib-id><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Сёмин</surname><given-names>Е. Г.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Syomin</surname><given-names>E. G.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Сёмин Евгений Григорьевич, научный сотрудник лаборатории генетики бактерий отдела медицинской микробиологии</p><p>Москва</p></bio><bio xml:lang="en"><p>E. Semin</p><p>Moscow</p></bio><email xlink:type="simple">recitar@mail.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff-1"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0003-1708-5453</contrib-id><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Синяшина</surname><given-names>Л. Н.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Sinyashina</surname><given-names>L. N.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Синяшина Людмила Николаевна, д.м.н., ведущий научный сотрудник лаборатории генетики бактерий отдела медицинской микробиологии</p><p>Москва</p></bio><bio xml:lang="en"><p>L. Sinyashina, MD</p><p>Moscow</p></bio><email xlink:type="simple">vasilissa7777@yandex.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff-1"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0002-1159-0515</contrib-id><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Бабаченко</surname><given-names>И. В.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Babachenko</surname><given-names>I. V.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Бабаченко Ирина Владимировна, д.м.н., профессор, заведующий научно-исследовательским отделом капельных инфекций</p><p>Санкт-Петербург</p></bio><bio xml:lang="en"><p>I. Babachenko, MD</p><p>Saint-Petersburg</p></bio><email xlink:type="simple">babachenko-doc@mail.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff-2"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0001-8771-6092</contrib-id><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Каратаев</surname><given-names>Г. И.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Karataev</surname><given-names>G. I.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Каратаев Геннадий Иванович, д.б.н., в.н.с., руководитель лаборатории генетики бактерий отдела медицинской микробиологии</p><p>Москва</p></bio><bio xml:lang="en"><p>G. Karataev</p><p>Moscow</p></bio><email xlink:type="simple">karataevgi@rambler.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff-1"/></contrib></contrib-group><aff-alternatives id="aff-1"><aff xml:lang="ru">Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почетного академика Н.Ф. Гамалеи Министерства здравоохранения Российской Федерации<country>Россия</country></aff><aff xml:lang="en">National Research Center for Epidemiology and Microbiology named after Honorary Academician N.F. Gamaleya of the Ministry of Health of the Russian Federation<country>Russian Federation</country></aff></aff-alternatives><aff-alternatives id="aff-2"><aff xml:lang="ru">Детский научно-клинический центр инфекционных болезней&#13;
Федерального медико-биологического агентства<country>Россия</country></aff><aff xml:lang="en">Pediatric Research and Clinical Center for Infectious Diseases<country>Russian Federation</country></aff></aff-alternatives><pub-date pub-type="collection"><year>2022</year></pub-date><pub-date pub-type="epub"><day>23</day><month>11</month><year>2022</year></pub-date><volume>21</volume><issue>4</issue><fpage>37</fpage><lpage>42</lpage><permissions><copyright-statement>Copyright &amp;#x00A9; Медкова А.Ю., Сёмин Е.Г., Синяшина Л.Н., Бабаченко И.В., Каратаев Г.И., 2022</copyright-statement><copyright-year>2022</copyright-year><copyright-holder xml:lang="ru">Медкова А.Ю., Сёмин Е.Г., Синяшина Л.Н., Бабаченко И.В., Каратаев Г.И.</copyright-holder><copyright-holder xml:lang="en">Medkova A.Y., Syomin E.G., Sinyashina L.N., Babachenko I.V., Karataev G.I.</copyright-holder><license license-type="creative-commons-attribution" xlink:href="https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/" xlink:type="simple"><license-p>This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.</license-p></license></permissions><self-uri xlink:href="https://detinf.elpub.ru/jour/article/view/773">https://detinf.elpub.ru/jour/article/view/773</self-uri><abstract><sec><title>Цель</title><p>Цель: оценить эффективность применения метода ПЦР-РВ с использованием тест-системы ПЦР-РВ-IS для этиологической диагностики коклюша при обследовании больных с инфекционной респираторной патологией с затяжным и длительным кашлем и у контактных с ними лиц.</p></sec><sec><title>Материалы и методы</title><p>Материалы и методы. Обследовано 113 детей в возрасте от 1 месяца до 17 лет 11 месяцев и 29 дней и 146 контактных с ними членов семей. Независимо от первичного диагноза все дети обследованы на коклюш бактериологическим, молекулярно-генетическим и серологическим методами. Для молекулярно-генетической диагностики использовали коммерческий набор и тест-систему ПЦР-РВ-IS, разработанную в ФНИЦЭМ им. Н.Ф. Гамалеи. Контактные лица обследованы бактериологическим методом и с помощью тест-системы ПЦР-РВ-IS.</p></sec><sec><title>Результаты</title><p>Результаты. При первичном осмотре установлены диагнозы «ОРВИ, острый ринофарингит», «Острый ларинготрахеит», «Острый бронхит», «Пневмония». Степень выраженности кашля у контактных лиц была различной – от типичного спастического «коклюшного» кашля до полного отсутствия кашля. С помощью разработанной нами тест-системы ПЦР-РВ-IS ДНК возбудителя коклюша выявлена в группах пациентов с «ОРВИ, острым ринофарингитом» в 34,4% случаев, «Острым ларинготрахеитом» – в 64,3%, «Острым бронхитом» – в 69%, с диагнозом «Пневмония» – в 33,3% случаев. В ряде случаев было выявлено сочетанное течение коклюша с респираторными инфекциями (респираторно-синцитиальной, риновирусной и другими). У обследованных контактных лиц возбудитель коклюша с помощью тест-системы ПЦР-РВ-IS выявлен в 51,4% случаев.</p></sec></abstract><trans-abstract xml:lang="en"><p>The aim of the study was to evaluate the effectiveness of the PCR-RТ method using the PCR-RТ-IS test system for the etiological diagnosis of whooping cough in the examination of patients with infectious respiratory pathology with prolonged cough and in contact persons. 113 children aged from 1 month to 17 years, 11 months and 29 days, and 146 contact family members were examined. Regardless of the initial diagnosis, all children were examined for whooping cough by bacteriological, molecular genetic and serological methods. For molecular genetic diagnostics a commercial kit and PCR-RT-IS test-system developed at the Gamaleya Research Center were used. The contact persons were examined by the bacteriological method and using the PCR-RT-IS test-system. During the initial examination the diagnoses «Acute respiratory viral infectious», «Acute rhinopharyngitis», «Acute laryngotracheitis», «Acute bronchitis», «Pneumonia» were established. The severity of cough in contact persons was different – from a typical spastic «whooping cough» to complete absence of cough. By using the PCR-RT-IS test-system we developed, the DNA of pertussis pathogen was detected in groups of patients with «Acute rhinopharyngitis» in 34.4% of cases, «Acute laryngotracheitis» – in 64.3%, «Acute bronchitis» – in 69%, with a diagnosis of «Pneumonia» – in 33.3% of cases. In a number of cases combined course of whooping cough with respiratory infections (respiratory syncytial virus, rhinovirus and others) was detected. In the examined contact persons the causative agent of pertussis was detected using the PCR-RT-IS test-system in 51,4% of cases.</p></trans-abstract><kwd-group xml:lang="ru"><kwd>дети</kwd><kwd>больные респираторными заболеваниями</kwd><kwd>коклюш</kwd><kwd>бактерии Bordetella pertussis</kwd><kwd>атипичные формы коклюша</kwd><kwd>лабораторные методы диагностики</kwd><kwd>полимеразная цепная реакция (ПЦР)</kwd><kwd>полимеразная цепная реакция в режиме реального времени (ПЦР-РВ)</kwd></kwd-group><kwd-group xml:lang="en"><kwd>children with respiratory diseases</kwd><kwd>whooping cough</kwd><kwd>Bordetella pertussis bacteria</kwd><kwd>atypical forms of whooping cough</kwd><kwd>laboratory diagnostic methods</kwd><kwd>polymerase chain reaction (PCR)</kwd><kwd>real-time polymerase chain reaction (PCR-RT)</kwd></kwd-group></article-meta></front><back><ref-list><title>References</title><ref id="cit1"><label>1</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Hewlett, E.L., Edwards, K.M. Pertussis — not just for kids. N. Engl. J. Med. 2005; 352:1215—1222. PMID: 15788498 DOI: 10.1056/NEJMcp041025.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Hewlett, E.L., Edwards, K.M. Pertussis — not just for kids. N. Engl. J. Med. 2005; 352:1215—1222. PMID: 15788498 DOI: 10.1056/NEJMcp041025.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit2"><label>2</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Клинические рекомендации: «Коклюш у детей», разработаны ФГБУ ДНКЦИБ ФМБА России, ФБУН МНИИЭМ им. Г.Н. Габричевского, ГКУЗ «ИКБ №1 ДЗМ», ГБОУ ВПО КрасГМУ им. проф. В.Ф. Войно-Ясенецкого, МБУЗ ГД КБ №1, 2019.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Сlinical guidelines: «Whooping cough in children», developed by Pediatric Research and Clinical Center for Infectious Diseases, the G.N. Gabrichevsky Moscow Scientific Research Institute for Epidemiology and Microbiology, Clinical Infectious Diseases Hospital No. 1 of the Moscow Department of Health, State Budget Institution of Higher Education «Krasnoyarsk State Medical University named after Professor V.F. Vojno-Yasenetsky», Krasnoyarsk Interdistrict Children's Clinical Hospital No. 1, 2019 (in Russ)</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit3"><label>3</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Бабаченко И.В., Харит С.М., Курова Н.Н., Ценева Г.Я. Коклюш у детей. М.: Комментарий; 2014.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Babachenko I.V., Harit S.M., Kurova N.N., Tseneva G.Ya. Whooping cough at children. Moscow: Kommentariy; 2014. (in Russ)</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit4"><label>4</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Попова О.П., Петрова М.С., Борисова О.Ю., Скирда Т.А., Грачева Н.М., Малышев Н.А. Клинические особенности коклюша у взрослых. Терапевтический архив. 2014; 86(11): 78—81.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Popova O.P., Petrova M.S., Borisova O.Yu., Skirda T.S., Gracheva N.M., Malyshev N.A. Clinical features of pertussis in adults. Terapevticheskiy Аrkhiv. 2014; 86(11): 78—81. (in Russ)</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit5"><label>5</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Locht, C. The Path to New Pediatric Vaccines against Pertussis. Vaccines. 2021; 9:228. https://doi.org/10.3390/vaccines9030228.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Locht, C. The Path to New Pediatric Vaccines against Pertussis. Vaccines. 2021; 9:228. https://doi.org/10.3390/vaccines9030228.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit6"><label>6</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Петрова М.С., Борисова А.Б., Скирда Т.А., Сметанина С.В., Базарова М.В., Борисова О.Ю., Афанасьев М.С., Алёшкин А.В., Афанасьев С.С., Алёшкин В.А. Особенности клиники и диагностики коклюша у взрослых. Инфекционные болезни, 2020; 18(3):104—110.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Petrova M.S., Borisova A.B., Skirda T.A., Smetanina S.V., Bazarova M.V., Borisova O.Yu., Afanasiev M.S., Aleshkin A.V., Afanasiev S.S., Aleshkin V.A. Pertussis in adults: clinical manifestations and diagnosis. Infect. Bolezni=Infectious Diseases. 2020; 18(3):104—110. (In Russ) https://doi.org/10.20953/1729-9225-2020-3-104-110.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit7"><label>7</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">de Greeff S. C., Mooi, F. R., Westerhof, A. et al. Pertussis Disease Burden in the Household: How to Protect Young Infants. Ox. J. Med. Clin. Infect. Dis. 15 May 2010; 50(10):1339—1345. https://doi.org/10.1086/652281.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">de Greeff S. C., Mooi, F. R., Westerhof, A. et al. Pertussis Disease Burden in the Household: How to Protect Young Infants. Ox. J. Med. Clin. Infect. Dis. 15 May 2010; 50(10):1339—1345. https://doi.org/10.1086/652281.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit8"><label>8</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Нестерова Ю.В., Медкова А.Ю., Бабаченко И.В., Е.Г. Сёмин, Е.Л. Калисникова, Л.Н. Синяшина, Г.И. Каратаев. Клинико-диагностическое значение генетических маркеров Bordetella pertussis у контактных лиц в семейных очагах. Журнал инфектологии. 2019; 11(1):17—24.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Nesterova Yu.V., Medkova A.Yu., Babachenko I.V., Semin E.G., Kalisnikova E.L., Sinyashina L.N., Karataev G.I. Сlinical-diagnostic value of bordetella pertussis genetic markers in contact persons in familial foci. Journal Infectology. 2019;11(1):17—24. (In Russ.) https://doi.org/10.22625/2072-6732-2019-11-1-17-24.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit9"><label>9</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Каратаев Г.И., Синяшина Л.Н., Медкова А.Ю. Патент №2506316 Российская Федерация, опубл. 10.02.2014. Способ диагностики коклюша и определения авирулентных мутантов возбудителя и диагностический набор.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Karataev G.I., Sinyashina L.N., Medkova A.Yu. Patent №2506316 of the Russian Federation, published 10.02.2014. A method for diagnosing whooping cough and determining avirulent mutants of the pathogen and a diagnostic kit (in Russ)</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit10"><label>10</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Гланц С. Медико-биологическая статистика. Пер. с англ. М.: Практика, 1998:459.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Glants S. Medical and biological statistics. Moscow: Praktika, 1998:459. (in Russ)</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit11"><label>11</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Диагностика коклюша и паракоклюша: Методические рекомендации. М.: Федеральный центр гигиены и эпидемиологии Роспотребнадзора, 2013:56.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Diagnosis of pertussis and parapertussis: Methodological recommendations. Moscow, Federal Hygiene and Epidemiology Centre of Rospotrebnadzor, 2013:56. (in Russ)</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit12"><label>12</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Deville J.G., Cherry, J.D., Christenson, P.D., et al. Frequency of unrecognized Bordetella pertussis infections in adults. Clin Infect Dis. 1995; 21:639—642.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Deville J.G., Cherry, J.D., Christenson, P.D., et al. Frequency of unrecognized Bordetella pertussis infections in adults. Clin Infect Dis. 1995; 21:639—642.</mixed-citation></citation-alternatives></ref></ref-list><fn-group><fn fn-type="conflict"><p>The authors declare that there are no conflicts of interest present.</p></fn></fn-group></back></article>
